怀孕初期上厕所有褐色分泌物可能是受精卵着床出血、先兆流产、宫外孕等原因导致，需要针对原因治疗。

1、受精卵着床出血

受精卵在子宫内膜着床时，可能引起轻微的出血，通常出血时间不长。当这些血液在宫腔中停留时间较长时，可能产生褐色分泌物。一般无需特殊处理，注意休息、避免剧烈运动即可。

2、先兆流产

胚胎发育不良、母体受到外力撞击、过度劳累或孕激素水平低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量出血的症状，导致分泌物变为褐色，并伴随明显的腹痛。需遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物保胎，同时要绝对卧床休息，保持情绪稳定，定期复查超声和血HCG、孕酮等指标。

3、宫外孕

受精卵停留在子宫颈、卵巢或输卵管等部位发育，随着受精卵的生长，可能会导致破裂出血，容易引起分泌物异常和腹部疼痛。需通过B超和血HCG检查确诊，治疗方法包括药物治疗如甲氨蝶呤和手术治疗如腹腔镜手术。